A via de infecção tuberculosa é exclusivamente inalatória. A infecção não pode ser feita por inoculação direta do bacilo.

A presença dos linfócitos B, ao local da infecção, tem início a lesão granulomatosa característica da tuberculose. O granuloma é formado por células gigantes, derivadas dos macrófagos, e por linfócitos B, que tentam conter a disseminação do BK. No miolo do granuloma maduro, observam-se células epitelióides e células gigantes de Langerhans e, em seu envoltório, linfócitos B CD4+ e CD8+.

Quando as defesas imunes são efetivas e conseguem deter a infecção inicial e a doença desenvolve-se, posteriormente, a partir de um foco latente, ela é chamada de tuberculose de reinfecção exógena. Se for conseqüente a uma nova infecção, na qual o sistema de defesa não foi capaz de deter sua progressão, será chamada tuberculose de reinfecção endógena.

A forma ganglionar periférica é uma forma rara de tuberculose, e compromete mais frequentemente os gânglios da cadeia inguinal, com um leve predomínio à esquerda. A doença é mais comum em idosos.

A tuberculose do sistema urinário é mais freqüente entre indivíduos nas quarta e quinta décadas. O bacilo alcança o sistema urinário através de disseminação linfohematogênica, implantando-se no córtex renal, onde se multiplica.