O espectro de excitação de um fluorocromo tem sempre faixa de comprimentos de onda menos energéticos do que a faixa de comprimentos de onda do espectro de emissão, que é sempre mais energético.

O índice MFI é obtido pela razão de picos de marcação gerados por dois ou mais fluorocromos.

Os fluorocromos com espectros de excitação em faixas de comprimentos de onda mais energéticos é que geram marcações de maior intensidade (maior brilho relativo).

Os fluorocromos emitem fluorescência apenas na faixa do espectro de luz visível.

Deve-se levar em consideração se os fluorocromos escolhidos permitem que haja o fenômeno chamado de FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer).