A natureza do FGP é pública e seu patrimônio é anexado ao patrimônio de seus cotistas, sendo dotado também de direitos e obrigações próprios.

O FGP poderá usar parcela da cota da União para prestar garantia aos seus fundos especiais, sendo obrigado a honrar faturas aceitas e não pagas pelo parceiro público.

Em caso de inadimplemento, os bens e direitos do FGP não poderão ser objeto de constrição judicial ou alienação para satisfazer as obrigações garantidas.

É vedado ao FGP prestar contragarantias a seguradoras, instituições financeiras e organismos internacionais dos cotistas em contratos de parceria público-privadas vigentes.