À Pró-Reitoria de Graduação (PROGRAD) compete tão somente coordenar e dirigir a execução das atividades do ensino de graduação.

À Pró-Reitoria de Pós-Graduação e Pesquisa (PRPGP) compete propor, coordenar, supervisionar e dirigir a execução das atividades de ensino de pós-graduação e da pesquisa, além de propor e executar a política de pósgraduação e pesquisa homologada pelos colegiados dos programas de Pós-Graduação da UFSM.

Fazem parte da estrutura organizacional da Pró-Reitoria de Graduação e Pesquisa (PRPGP) os Comitês de Pós-Graduação e os Comitês de Biossegurança, os quais são considerados instâncias de caráter deliberativo da Pró-Reitoria de Pós-Graduação e Pesquisa da UFSM.

À Pró-Reitoria de Recursos Humanos (PRRH) compete somente propor a política de gestão de pessoas no âmbito da UFSM.

À Pró-Reitoria de Infraestrutura (PROINFRA) compete planejar, coordenar, supervisionar e executar os serviços de obras, manutenção e serviços gerais da UFSM, além de outras atribuições específicas.