A quantidade de cloro a ser utilizada na água para lavagem das frutas pode variar de acordo com o grau de sujidade e número inicial de micro-organismos da matéria-prima. Geralmente, ao se proceder à lavagem, a água deve conter em média de 50 a 100 ppm de Cloro Residual Livre (CRL).

O cloro é o sanitizante mais usado na desinfecção de frutas. Devido à sua polaridade, o ácido hipocloroso tem facilidade de penetração na membrana celular, inativando as enzimas por reação de oxidação com o grupo sulfidrila, tendo, por isso, ação bactericida bem mais forte que o íon hipoclorito.

Os vegetais podem ser lavados por imersão, por agitação ou por aspersão dos materiais, com o objetivo de remoção de contaminantes e redução da carga microbiana. A lavagem prévia é necessária para a remoção de sujidades mais grosseiras, devido aos frutos virem aderidos de terras e outros materiais do campo. Essa água para lavagem prévia não precisa ser clorada.

O ácido hipocloroso (HClO) é a forma ativa utilizada como germicida; é produzido pela reação do cloro com a água. O pH e a temperatura da água são fatores inter-relacionados que afetam a eficiência da cloração. Em pH 9,0, aproximadamente 90% do cloro residual livre está na forma de ácido hipocloroso, enquanto que em pH 6,0 todo o cloro livre passa à forma de íon hipoclorito.