As licenças ambientais (licença prévia, licença de instalação e licença de operação) deverão ser emitidas pelo órgão ambiental municipal, estadual ou federal, conforme seja a dimensão do impacto direto (local, regional ou nacional).

Na determinação do potencial de impacto ambiental de um empreendimento aquícola devem ser considerados a área do empreendimento, o sistema de cultivo (intensivo, semi-intensivo e extensivo) e o grau de severidade das espécies cultivadas (autóctones, alóctones, carnívoras e não carnívoras).

Após a obtenção da licença de operação e da outorga da água, o empreendedor será considerado um “aquicultor legal”, não sendo mais necessário renovação de licença, exceto se for realizar ampliação do empreendimento.

No licenciamento ambiental de cultivo em tanques-rede em águas de domínio da União, deverão ser seguidas as normas específicas para a obtenção de Autorização de Uso de espaços físicos de corpos d’água de domínio da União, além da Resolução CONAMA nº 413/2009.