Os microrganismos benéficos são geralmente usados na fabricação de produtos alimentícios como, por exemplo, bebidas fermentadas, massas e queijos. As espécies benéficas presentes nos alimentos causam alterações desejáveis, modificando suas características originais de forma a transformá-los em um novo produto. São alimentos feitos com a atuação de microorganismos, exceto: