A alteração do nome para Porto Mauá ocorreu por volta de 1930, conforme pesquisa no Jornal A Serra de Santa Rosa. Na época, essa região pertencia a Cruz Alta, depois desmembrou-se e formou o município de Santo Ângelo. Porto Mauá era distrito de Santo Ângelo.

A cidade se desenvolveu em função do porto que liga Alba Posse, na província de Missiones, na Argentina, e Porto Mauá.

Através do porto, realiza-se, desde de 1930, intercâmbio comercial, usando inicialmente barcos bem rústicos, evoluindo gradativamente para as modernas barcas de ferro que podem transportar carros.

O nome Porto Mauá é uma homenagem a Irineu Evangelista de Souza, Barão de Mauá, o Visconde de Mauá, gaúcho que se destacou pelo incentivo à navegação como meio de comunicação e de transporte.

Porto Mauá também teve outros nomes, como Lajeado Jacarezinho, devido à existência de um riacho que se localiza a leste da cidade.