A pepsina é secretada, primeiro, em uma forma inativa, pepsinogênio, tornando-se ativa apenas no ambiente ácido do estômago e serve, primariamente, para modificar a forma e o tamanho de algumas proteínas presentes em uma refeição normal.

A lipase gástrica é mais específica para triglicerídios compostos por ácidos graxos de cadeia longa que estão presentes em pequena quantidade em uma dieta normal.

As enzimas do intestino delgado e do pâncreas são mais eficazes em um pH mais ácido.

As principais enzimas secretadas pelo pâncreas que digerem lipídios são a lipase pancreática e a quimotripsina.

Os sais biliares dificultam a digestão e a absorção de lipídios pelas suas características surfactantes.