A criptografia é muito utilizada em situações nas quais é necessária uma comunicação confidencial, como por exemplo: via internet e em transações eletrônicas envolvendo senhas. A criptografia atual é constituída por estudo de algoritmos criptográficos que podem ser implantados em computadores. As matrizes são usadas na criptografia para codificar e decodificar mensagens, sendo que o remetente usará uma chave para codificar e o destinatário usará outra chave para decodificar. Para criptografar mensagens, considere a associação entre letras do alfabeto e demais símbolos apresentada na tabela a seguir, ou seja, A = 1, B = 2, C = 3, e assim sucessivamente até Z = 26, considere o símbolo * que deverá ser usado para representar espaço entre as palavras.
| A | B | C | D | E | F | G | H | I | J |
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 |
| K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T |
| 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 |
| U | V | W | X | Y | Z | ? | ! | * | . |
| 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 |
A mensagem a ser criptografada é convertida em uma matriz M de 2 linhas, onde cada letra, na sequência de cada linha, corresponde as letras da mensagem. Por exemplo, a mensagem MEU AMIGO. é representada pela matriz:

A última coisa a ser feita para terminar a criptografia é multiplicar uma matriz de codificação A quadrada de ordem 2 pela matriz M, obtendo, assim, a matriz com a mensagem codificada.
Considere a matriz C, cujos elementos possuem uma mensagem codificada:

Sabendo que C =A . M, onde A = !$ \begin{pmatrix} 2 & 5 \\ 1 & 3 \end{pmatrix} !$ e M é a matriz cujos elementos fornecem a mensagem desejada, de acordo com a tabela, conclui-se que a mensagem contida em M é: