A filtração em gel (Sephadex ou agarose) promove a separação de proteínas em relação ao seu peso ou tamanho molecular. A filtração exige que o meio de eluição seja inerte e não interaja quimicamente ou por meio de cargas com as proteínas. Este é um método a ser empregado para separação de alta resolução.

Um teste clínico que emprega cromatografia de afinidade é a quantificação de hemoglobina glicosilada. Esse teste utiliza uma matriz com afinidade para di-hidroxiboronato que se liga de modo seletivo a espécies moleculares da hemoglobina ligadas covalentemente à glicose, ao mesmo tempo em que permite às formas não glicosiladas passarem pela coluna.

A técnica colorimétrica altamente específica para proteínas e peptídeos é o biureto. Nesse método os sais de cálcio em solução alcalina formam um complexo púrpura com substâncias contendo duas ou mais ligações peptídicas.

Na eletroforese de proteínas, os corantes padrões empregados são: o azul brilhante de Coomassie, Ponceu S e amido black (negro de amida). A coloração com Coomassie é bastante sensível para detecção de componentes minoritários em géis de alta resolução, permitindo quantificar concentrações na ordem de nanogramas.