A competência para a instauração e para o julgamento do PAR é da autoridade máxima da entidade em face da qual foi praticado o ato lesivo ou, em caso de órgão da administração pública federal direta, do respectivo Ministro de Estado.

No ato de instauração do PAR, a autoridade designará comissão, composta por dois ou mais servidores estáveis.

Instaurado o PAR, a comissão avaliará os fatos e as circunstâncias conhecidas e indiciará e intimará a pessoa jurídica processada para, no prazo de trinta dias, apresentar defesa escrita e especificar eventuais provas que pretenda produzir.

Será assegurado o sigilo do PAR, sempre que necessário à elucidação do fato ou quando exigido pelo interesse das partes, garantido à pessoa jurídica processada o direito à ampla defesa e ao contraditório.

O prazo para a conclusão dos trabalhos da comissão de PAR não excederá cento e oitenta dias, admitida a prorrogação, mediante solicitação justificada do presidente da comissão a autoridade instauradora, que decidirá de maneira fundamentada.