O processo administrativo fiscal caracteriza-se por ser bilateral e nele atua o Juiz de Direito ou Juiz Federal competente. Os requerimentos e impugnações do contribuinte são apreciados de maneira vinculada à lei e pautada pelos princípios da Administração Pública (art. 37, CF/88), razão pela qual seus atos e decisões são considerados imparciais e impessoais.

O PAF pode ser requerido nas três esferas administrativas: na União, junto à Secretaria da Receita Federal; nos Estados, na respectiva Secretaria da Fazenda Estadual; e nos municípios, perante a Secretaria Municipal da Fazenda. A determinação da competência de cada órgão citado independe da competência tributária, cabendo ao contribuinte escolher o órgão que lhe pareça mais cômodo para litigar.

A impugnação administrativa será materializada em um processo administrativo fiscal, que deverá ser protocolizado perante o órgão fazendário responsável, instruído com uma petição inicial do contribuinte contendo todos os argumentos de fato e de direito necessários e suficientes para fundamentar o requerido, bem como com todos os elementos comprobatórios pertinentes.

Segundo decidido pelo Supremo Tribunal Federal no Tema 1262, as unidades fazendárias poderão deliberar pelo deferimento administrativo de processos de restituição, inclusive em tramitação, que tenham sido decorrentes de decisão judicial. Não é necessário que estes pedidos sejam objeto de ação de execução na esfera judicial.

A impugnação administrativa não suspende a exigibilidade do crédito tributário até o seu julgamento final. Nesse sentido é o art. 151, III do CTN: "não suspendem a exigibilidade do crédito tributário as reclamações e os recursos, nos termos das leis reguladoras do processo tributário administrativo".