Na CSB classe I, não há proteção para o material ou produto que está sendo manipulado, somente para o operador e o ambiente.

A CSB classe I, como não apresenta um filtro High Efficiency Particulate Air (HEPA), é recomendada apenas para manipulação de agentes de risco biológico classe 1 e reagentes químicos tóxicos em pequenas quantidades.

Na CSB classe II A ou A1, é possível manipular agentes de risco biológico classe 1, 2 e 3. O operador deverá usar, durante as manipulações no interior desta CSB, o Equipamento de Proteção Individual (EPI) composto, por exemplo, de jaleco, gorro, máscara e luvas descartáveis, óculos de proteção ou protetor facial, além de outros EPIs considerados necessários.

Na CSB classe II, o princípio fundamental é a proteção do operador, do ambiente e do material ou produto. Nela, um fluxo de ar que atravessa o filtro HEPA, vertical e descendente sobre a área de trabalho protege o material manipulado. Essa cortina de ar impede a dispersão dos contaminantes gerados no interior da cabine, evitando que eles escapem pela abertura frontal.