A lipodistrofia é causada diretamente pelo vírus e, por isso, é mais comum em pacientes que apresentam elevada carga viral e não fazem uso regular de medicação antiretroviral.

Dietas hiperlipídicas em portadores de HIV são as principais causas do aumento da gordura visceral e redução da subcutânea, que caracterizam a lipodistrofia.

O gasto energético de repouso encontra-se reduzido na lipodistrofia, o que provoca aumento dos níveis séricos de testosterona em homens e mulheres.

O tratamento deverá ser baseado em drogas que metabolizam a gordura corporal, uma vez que dieta e exercícios não afetam a lipodistrofia presente em pacientes com SIDA.

Além de alterações morfológicas, a lipodistrofia está associada às anormalidades metabólicas, como hipertrigliceridemia e resistência à insulina.