Apesar de a CCEE apurar a tarifa de suprimento para as distribuidoras, essa tarifa não é levada em conta pela Agência Nacional de Energia Elétrica (ANEEL) na formação das tarifas de fornecimento aos consumidores regulados.

O custeio da CCEE é coberto com recursos de taxas provenientes de fiscalizações realizadas pela ANEEL nas empresas do setor elétrico.

No caso de concessionários do serviço público de energia elétrica, a CCEE administra somente a contratação de compra de energia.

A estrutura de governança da CCEE é semelhante à da ANEEL, à exceção das áreas de regulação e fiscalização, que estão presentes somente nesta última instituição.

A CCEE caracteriza-se como pessoa jurídica de direito privado sem fins lucrativos.