cabe ao Conselho Nacional do Meio Ambiente, órgão central do Sisnama, estabelecer normas e critérios para o licenciamento de atividades efetiva ou potencialmente poluidoras.

na condição de executor do Sisnama, compete ao Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis, como órgão federal, executar e fazer executar a política e as diretrizes governamentais fixadas para o meio ambiente.

é atribuição do Conselho de Governo, órgão consultivo do Sisnama, assessorar o Presidente da República na formulação da política nacional e nas diretrizes governamentais para o meio ambiente e os recursos ambientais.

à Secretaria do Meio Ambiente da Presidência da República, órgão superior do Sisnama, compete planejar, coordenar, supervisionar e controlar, como órgão federal, a política nacional e as diretrizes governamentais fixadas para o meio ambiente.

no Sisnama, os órgãos seccionais são municipais e atuam na execução de programas e projetos, assim como no controle e na fiscalização de atividades capazes de provocar degradação ambiental.