Os métodos instrumentais são mais utilizados do que os métodos tradicionais, devido ao fato de apresentarem baixo custo com equipamentos e reagentes, em relação aos métodos analíticos, tendo muita rapidez nos resultados.

A validação de métodos analíticos determina o desempenho característico de um método, partindo-se da avaliação de parâmetros.

Os parâmetros de validação de métodos analíticos envolvem Especificidade, Função da Resposta, Intervalo de Trabalho, Linearidade, Sensibilidade, Exatidão, Precisão, Limite de Detecção, Limite de Quantificação e Robustez.

Do ponto de vista sanitário, as características químicas das águas são de grande importância, pois a presença de alguns elementos ou compostos químicos pode inviabilizar o uso de certas tecnologias de tratamento, e os parâmetros: ferro, manganês e acidez possuem pouco significado sanitário.

Por meio da Espectrometria de Massa é possível determinar a massa molecular e quantificar biomoléculas, tais como proteínas, carboidratos, lipídeos e oligonucleotídeos, e também fragmentá-las de forma a elucidar sua estrutura e confirmar sua identificação.