A norma que rege o sistema penitenciário federal estabelece de forma expressa a atribuição da Defensoria Pública da União, para atuar, com exclusividade, nos estabelecimentos prisionais federais, e veda, em qualquer hipótese, a transferência de presos entre as penitenciárias federais, sem novo incidente.

O ingresso regular de preso no sistema penitenciário federal depende de incidente próprio, escalonado em duas etapas distintas: a admissibilidade preliminar da transferência, exercida pelo juízo da vara de execução penal de origem, e a decisão final acerca da inclusão, pelo juízo federal. Havendo divergência entre os juízos, admite-se conflito de competência no tribunal competente, que resolverá o mérito da transferência, em caráter prioritário

A lei veda, de forma expressa, em qualquer hipótese, a remoção excepcional de preso para o sistema penitenciário federal antes do início ou encerramento do incidente de transferência, de modo a não ultrapassar a lotação máxima do estabelecimento penal federal de segurança máxima.

O preso incluído no sistema penitenciário federal, por prisão provisória ou definitiva, permanece com processo na vara de execução penal de origem, sendo esta competente para conhecer, processar e julgar os incidentes na execução penal, visto que a transferência provisória não altera o juízo natural da execução.

A inclusão de presos no sistema penitenciário federal dar-se-á de forma excepcional, temporária e provisória, com prazo máximo de 360 dias, autorizando a lei uma única e extraordinária renovação, a ser decidida pelo juízo federal, desde que requerida antes do encerramento do prazo da inclusão.