O exame clínico dos rins é realizado através do tato, por ser facilmente palpado em um adulto. O rim direito normal pode ser palpado ao final da expiração profunda. Em lactentes, o rim pode ser facilmente palpado com o polegar colocado abaixo do gradil costal e os demais dedos posteriormente, no ângulo costovertebral.

Durante o exame da genitália, deve-se procurar por hérnias, preferencialmente com o paciente em posição ortostática. Ausência dos testículos é denominada anorquia e exige reposição hormonal exógena.

O exame retal e prostático deve em todo paciente acima de 40 anos com queixas urológicas. O exame começa com a inspeção anal, quando podem ser detectadas doenças orificiais, como hemorroidas ou fissuras. Com a introdução do dedo indicador adequadamente lubrificado, avalia-se o tônus do esfíncter anal e depois as características da face posterior da próstata.

O pênis deve ser examinado em toda sua extensão, já que a maioria dos tumores desenvolve-se na glande e no prepúcio em pacientes não circuncidados, calibre e posição do meato uretral não são avaliados.

A bexiga é facilmente avaliada, de forma geral, por percussão. A percussão é mais sensível que palpação para diagnóstico de bexiga hiperdistendida e deve iniciar-se logo acima da sínfise púbica, progredindo cranialmente até que haja alteração na característica do som.