A contagem do número total de micro-organismos mesofílicos baseia-se na análise da turbidez das colônias isoladas crescidas nos meios de cultura selecionados. O resultado é indicado em Unidades Formadoras de Colônias (UFC).

A contagem do número total de micro-organismos mesofílicos permite determinar o número total de bactérias e fungos em matérias-primas não estéreis. Esse teste consiste na contagem da população de bactérias em Ágar Sangue, incubadas a 32,5 ± 2,5°C e da população fúngica, em Ágar Fubá, a 22,5 ± 2,5°C.

Com auxílio de meios de cultura não-seletivos, é possível realizar a pesquisa de micro-organismos patogênicos na matéria-prima. Nesses procedimentos experimentais, é essencial testar o meio de cultura utilizado, Ágar caseína-soja, quanto à sua capacidade nutritiva, e todos os micro-organismos isolados devem ser identificados.

A contagem do número total de micro-organismos mesofílicos pode ser efetuada pelo método de filtração em membrana, contagem em placa ou Método dos Tubos Múltiplos (NMP), que é reservado para as determinações bacterianas que não possam ser realizadas por um dos outros métodos e quando se espera que o produto apresente baixa densidade bacteriana.