De acordo com o entendimento do Superior Tribunal de Justiça (STJ), a empresa contratada tem garantia da manutenção do equilíbrio econômico-financeiro do contrato de permissão de serviço de transporte público, mesmo que o ajuste tenha sido celebrado sem que tenha havido prévia licitação.

Mesmo sendo regidos por preceitos de direito público, aos contratos administrativos oriundos da Lei nº 8.666/1993 são aplicados, obrigatoriamente, os princípios da teoria geral dos contratos e as disposições de direito privado, devendo estabelecer, com clareza e precisão, as condições para sua execução, expressas em cláusulas que definam os direitos, as obrigações e as responsabilidades das partes, em conformidade com os termos da licitação e da proposta a que se vinculam.

Nos termos da Lei nº 8.666/1993, o objeto e seus elementos característicos, o preço e as condições de pagamento, bem como o regime de execução e a forma de fornecimento são cláusulas facultativas nos contratos administrativos.

Segundo o entendimento do STJ, se for reconhecida a nulidade do contrato administrativo por ausência de prévia licitação, a Administração Pública não terá o dever de indenizar os serviços prestados pelo contratado na hipótese em que este tenha agido de má-fé ou concorrido para a nulidade do contrato.

Conforme o entendimento do STJ, em sede de contratos administrativos, é legal a Administração Pública reter o pagamento devido a fornecedor em situação de irregularidade perante o Fisco.