Consiste em um repasse suplementar de recursos financeiros federais para o atendimento de estudantes matriculados nas etapas do Ensino Fundamental I e II, na Educação Básica pública.

O Fundo Nacional de Desenvolvimento e Educação (FNDE) é quem faz o repasse dos recursos financeiros, e o programa é acompanhado e fiscalizado pelo Sistema de Vigilância Alimentar e Nutricional (SISVAN).

Uma das diretrizes do PNAE estabelece que, no mínimo, 30% do valor dos recursos federais do programa repassados pelo FNDE deve ser investido na compra direta de produtos da agricultura familiar, medida que estimula o desenvolvimento econômico e sustentável das comunidades.

O cálculo do valor a ser repassado é realizado pelo número de estudantes que constam no Censo Escolar multiplicado pela quantidade de dias ao ano (365 dias) e os respectivos valores per capita definidos em legislação.