As universidades são organizações notadamente complexas. Elas constroem seus modelos organizacionais a partir de características culturais próprias. Em primeiro lugar, apresentam uma diversidade de objetivos de difícil mensurabilidade. Além disso, depende legal e economicamente da sociedade, mas está protegida em virtude de seu prestígio e importância. Em segundo lugar, a difusão de autoridade em zonas de poder e influência que se sobrepõem parcialmente, provoca acentuadas fragmentações internas, resultantes de uma elevada autonomia baseada na tradição, na especialização e na própria natureza das atividades. Segundo Machado (1995), a universidade apresenta liderança fracamente hierárquica, tendo o líder a função de catalisador e negociador no processo decisório.

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As organizações universitárias também resultam de muitos conflitos gerados por grupos internos e externos, que nela atuam e agem em conformidade com seus próprios interesses. Muitos dos conflitos que ocorrem na universidade se originam na complexidade de sua estrutura social e acadêmica e nos objetivos e valores complexos desses grupos divergentes.

Divergente pela sua natureza, a organização complexa se orienta pela estrutura formal: hierarquia e papéis. As universidades apresentam muitas das características da burocracia, haja vista que se organizam por normas escritas, têm seus cargos estabelecidos segundo o princípio hierárquico, dispõem de canais formais de comunicação e de impessoalidade nas suas inter-relações. A exemplo das burocracias, apresentam uma divisão sistemática do trabalho, na qual as atribuições de cada participante são estabelecidas com base em padrões e procedimentos técnicos. A escolha dos docentes é, frequentemente, baseada no mérito e na competência técnica, apresentando um alto grau de profissionalização dos participantes. (RIZZATTI; RIZZATTI JUNIOR; SARTOR, 2004).

Analisando-se o excerto, pode-se concluir:

Os conflitos, quando exacerbados, enfraquecem os mecanismos de integração e configuram a organização como uma arena política, segundo Mintzberg.