No processo de esterilização por calor seco, deve-se incluir a circulação forçada de ar dentro da câmara de esterilização e a manutenção de pressão negativa, a fim de evitar a entrada de ar não estéril. Se for inserido ar dentro da câmara, este deve ser filtrado através do filtro esterilizante.

A esterilização por calor úmido é indicada para todos os materiais, sem exceções, tendo que todas as partes da carga da autoclave estarem obrigatoriamente em contato com o vapor saturado ou com a água, à temperatura exigida e durante todo o tempo estipulado.

A esterilização por radiação é utilizada com materiais e produtos sensíveis ao calor. Por haverem muitos medicamentos e alguns materiais de embalagem sensíveis à radiação, esse método somente deve ser aplicado quando não há efeitos nocivos ao produto, comprovados experimentalmente.

Determinadas soluções e líquidos que não podem ser esterilizados em seus recipientes finais, podem ser filtrados para recipientes previamente esterilizados, através do uso de filtros de amianto, que possuam tamanho de poros de 0,2 mm (ou mais) ou que tenham propriedades semelhantes, para a retenção de microrganismos.

No uso de esterilização por aplicação de radiação ultravioleta, durante o processo de esterilização, as doses de radiação utilizadas devem ser medidas utilizando dosímetros que indiquem a quantidade real das doses de radiação recebidas pelo produto.