O cardápio do programa é elaborado por nutricionistas, com a participação do Conselho de Alimentação Escolar, devendo-se respeitar o hábito da região e dar preferência a produtos elaborados e industrializados.

O Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) é responsável pela normatização, assistência financeira, coordenação, acompanhamento, monitoramento, cooperação técnica e fiscalização da execução do programa.

O conselho de alimentação escolar é composto por 5 membros, assim distribuídos: 1 representante do poder executivo e 1 do poder legislativo, 2 representantes de pais de alunos e um representante de outro segmento da sociedade civil.

Os recursos financeiros repassados à merenda escolar são calculados com base no número de alunos total do ensino pré-escolar e fundamental em escolas municipais, usando os dados oficiais de matriculas obtidas no ano de atendimento.