O microscópio óptico (MO) e o microscópio eletrônico de transmissão (MET) apresentam diferentes limites de resolução e capacidade de ampliação, por isso, dependendo do tamanho da estrutura celular que se queira visualizar, deve-se escolher o microscópio adequado. As estruturas celulares que podem ser visualizadas por MO e MET, respectivamente, são: