O padrão interno é um composto estruturalmente diferente do analito, adicionado às amostras brutas e utilizado para avaliar a recuperação absoluta do método.

O surrogate standard é um composto idêntico ao analito, preferencialmente marcado isotopicamente, utilizado para a construção de curva de calibração externa.

O padrão interno deve ser adicionado a todas as amostras e padrões analíticos em concentração constante, sendo usado para corrigir variações de injeção, extração e ionização.

O uso de surrogate standard em LC-MS/MS dispensa a construção de curva de calibração, pois a resposta relativa entre o analito e surrogate é suficiente para quantificação direta.

O padrão interno é utilizado em métodos qualitativos e deve ser removido antes da injeção no sistema para evitar interferência no espectro de massas.