de ser difícil conseguir uma resposta linear entre as áreas dos picos dos cromatogramas obtidos e a concentração da amostra durante o estudo da linearidade do método, visto a oxidação do ácido ascórbico na solução de análise;

da dificuldade na detecção da vitamina C pelo detector de UV, visto seu cromóforo ser incapaz de absorver luz ultravioleta a uma intensidade adequada para sua análise;

de ser impossível a análise de produtos de origem vegetal por CLAE, visto que a grande quantidade de metabólitos nestes materiais impede que a análise seja realizada mesmo com preparo de amostra adequado;

da dificuldade de se estabilizar a pressão e o fluxo do equipamento durante a análise, uma vez que somente se avalia a vitamina C com o uso de heptanossulfonato de sódio na fase móvel;

de somente existir vitamina C no fruto verde, o que impossibilita a realização da análise se não houver informações prévias sobre a caracterização do fruto que se utilizou para a produção do suco.