O princípio da contagem padrão de micro-organismos em placas baseia-se na premissa de que cada célula microbiana presente em uma amostra irá formar, quando fixada em um meio de cultura sólido adequado, uma colônia visível e isolada.

A técnica de filtração em membrana pode ser utilizada para quantificar os micro-organismos presentes em água ou bebidas.

O método do número mais provável (NMP) pode ser empregado exclusivamente na estimativa da concentração de coliformes totais e termotolerantes em amostras.

A quantificação de micro-organismos em superfícies pode ser realizada pelo método do esfregaço em superfície, também conhecido como método do Swab.