O órgão central, incumbido de implementar o SNUC e administrar as unidades de conservação, é o Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA), enquanto o órgão consultivo e deliberativo, responsável pela coordenação, é o Ministério do Meio Ambiente, e a execução cabe ao IBAMA e ao Instituto Chico Mendes.

O órgão consultivo e deliberativo, encarregado de acompanhar a implementação do SNUC, é o CONAMA; o órgão central, com a finalidade de coordenar o Sistema, é o Ministério do Meio Ambiente; e os órgãos executores, como o Instituto Chico Mendes, o IBAMA (em caráter supletivo) e as instâncias estaduais e municipais, atuam na implementação, proposição e administração das unidades de conservação.

O Ministério do Meio Ambiente atua como órgão consultivo e deliberativo, com função de coordenação; o CONAMA desempenha o papel de órgão central; e a execução é realizada exclusivamente por órgãos estaduais e municipais, sem participação federal.

O IBAMA, na função de órgão central, coordena o SNUC; o CONAMA, como órgão executor, acompanha a implementação; e o Instituto Chico Mendes atua em caráter supletivo apenas em unidades de conservação estaduais.