Os organismos do solo são responsáveis por diversas funções no solo, como decomposição de material orgânico e ciclagem de nutrientes.

Os expolissacarídeos produzidos pelas bactérias, juntamente com hifas dos fungos, influenciam positivamente na formação de agregados do solo.

Bactérias do gênero Bradyrhizobium (grupo rizóbio) estabelecem uma simbiose com a planta que culmina na formação de estruturas modificadas, chamadas nódulos, nas raízes das plantas, nos quais ocorre o processo de fixação biológica nitrogênio.

Fungos micorrízicos arbusculares são organismos simbiotróficos obrigatórios que auxiliam a planta na aquisição de elementos de alta mobilidade no solo, como o fósforo.

A biodiversidade é o maior indicador de qualidade do solo, pois garante que determinado processo que ocorre no solo seja mediado por várias espécies, isso é chamado de redundância funcional.