Os organismos causadores de doenças transmitidas por alimentos são normalmente divididos em dois grupos, sendo o primeiro formado por microrganismos que se multiplicam no trato intestinal humano, causando as infecções alimentares, e o segundo grupo, formado por microrganismos que produzem toxinas, tanto nos alimentos quanto durante sua passagem pelo trato intestinal, causando as intoxicações alimentares. São exemplos de microrganismos que causam infecção alimentar e intoxicação alimentar, respectivamente: