Compete à EBSERH, dentre outras atribuições, administrar unidades hospitalares, bem como prestar serviços de assistência médico-hospitalar, ambulatorial e de apoio diagnóstico e terapêutico à comunidade, no âmbito do SUS.

Não é assegurado à EBSERH o ressarcimento das despesas com o atendimento de consumidores e respectivos dependentes de planos privados de assistência à saúde.

A EBSERH, respeitado o princípio da autonomia universitária, poderá prestar os serviços relacionados às suas competências mediante contrato com as instituições federais de ensino ou instituições congêneres.O referido contrato estabelecerá, entre outras, as obrigações dos signatários.

Constituem recursos da EBSERH, dentre outros, os oriundos de dotações consignadas no orçamento da União.