O corpo diretivo da EBSERH é constituído pelo Presidente, pelo Vice-Presidente e pelos Diretores que compõem a Diretoria Executiva.

Não caberá, à Chefia de Gabinete, coordenar os trabalhos da Secretaria Geral.

A EBSERH será administrada por uma Diretoria Executiva, composta pelo Presidente e até seis Diretores, todos nomeados e destituíveis, a qualquer tempo, pelo Presidente da República, por indicação do Ministro de Estado da Educação.

O Presidente da EBSERH só deve apresentar relatório das atividades da EBSERH ao Ministro de Estado da Educação ou ao Presidente da República.

As diretorias que compõem a EBSERH não poderão elaborar regulamento e organograma funcional próprios.