A inulina e a oligofrutose não são digeridas pelas enzimas do trato gastrointestinal, mas elas possuem uma capacidade expressiva e superior para aumentar o bolo alimentar e a viscosidade do conteúdo luminal quando comparadas à celulose, glucômanas ou goma aguar.

Os fruto-oligossacarídeos possuem um potencial fermentativo, são responsáveis pela produção de ácidos graxos de cadeia curta e, além disso, contribuem para a redução do pH no cólon.

Os fruto-oligossacarídeos são probióticos que estimulam o crescimento de outras bactérias não patógenas presentes no lúmen intestinal e limitam a proliferação de microrganismos patogênicos ou indesejáveis.

A quantidade de calorias geradas a partir das frações de inulina e de oligofrutose que atingem o cólon é semelhante à dos açúcares simples, ou seja, 4 kcal/g.

Fruto-oligossacarídeos são prebióticos hidrolisados e absorvidos na parte superior do trato gastrointestinal.