O CBAF destina-se à aquisição de medicamentos e insumos, incluindo-se aqueles relacionados a agravos e programas de saúde específicos, no âmbito da Atenção Básica à Saúde.

O financiamento do CBAF é de responsabilidade da União, Estados, Distrito Federal e Municípios, sendo os Municípios responsáveis por aplicar maior valor habitante/ano de seu orçamento próprio para a aquisição dos medicamentos e insumos vigentes no SUS.

Cabe ao Ministério da Saúde o financiamento e a aquisição da insulina humana NPH 100 UI/mL e da insulina humana regular 100 UI/mL, incluindo os insumos para os usuários insulinodependentes.

O CBAF destina-se à aquisição de medicamentos e insumos, não podendo ser destinado a outras atividades da Assistência Farmacêutica, como à adequação de espaço físico das farmácias, à aquisição de equipamentos e mobiliário.

Para dar suporte à gestão da Assistência Farmacêutica na Atenção Básica à Saúde, o Ministério da Saúde é responsável pela manutenção e alimentação do sistema de informação HÓRUS, o Sistema Nacional de Gestão da Assistência Farmacêutica.