Até a metade do século XVIII, em sua maioria, os instrumentos de teclado eram afinados com o temperamento desigual. A maioria dos órgãos ingleses continuou a usá-lo até a metade do século passado.

Nos sistemas de temperamento desigual, oito terças maiores (dó-mi, mi-sol#, sib-ré, ré-fá#, fá-lá, lá-dó#, mib-sol, sol-si) são afinados com exatidão. Assim, certos acordes comuns soam de maneira muito mais agradável ao ouvido do que em temperamento igual.

O temperamento desigual é reconhecidamente imperfeito para a música cromática; entretanto, para a música diatônica, não poderia ser melhor, como bem sabiam os músicos de tempos mais antigos.

Por aproximadamente duzentos anos (entre 1600 e 1800), a afinação internacionalmente adotada para a música instrumental permaneceu bastante estável a um pouco mais que um semitom acima da adotada hoje (lá=440hz). Em algumas localidades, havia variações desse padrão aceito genericamente.

O mais importante a se compreender sobre o temperamento desigual é que ele não é uma simples experiência de laboratório de acústica. Foi considerado, durante muito tempo, o temperamento próprio para instrumentos de teclado e presumia-se que qualquer um que cantasse ou tocasse com um instrumento de teclado se pautasse por ele.