Os procedimentos para as análises microbiológicas dos alimentos envolvem três etapas: homogeneização da unidade analítica e inoculação nos meios de cultura.

Alguns procedimentos no laboratório de microbiologia envolvem técnicas assépticas para a preparação da amostra e inoculação.

A semeadura em meios viscosos em placas de Petri é o método alternativo mais utilizado para caracterização de microrganismos.

A inoculação de culturas microbianas ocorre através do método de espalhamento com alça Drigalsky, onde a cultura de microrganismos é espalhada em placas contendo ágar nutriente liquefeito.

A técnica de Número Mais Provável (NMP) baseia-se no princípio de que, ao se subdividir as amostras em alíquotas, algumas delas irão conter microrganismos e outras não, dependendo da quantidade dos microrganismos na amostra.