Nas estações de tratamento de água (ETA), a desinfecção da água é feita pelo cloro na sua forma simples (gasosa) ou através de seus compostos, dos quais os mais comuns são os hipocloritos e o dióxido de cloro. Normalmente o cloro gasoso é mais apropriado para a desinfecção, excetuando-se o caso em que exista a necessidade de um suprimento de emergência, de aplicações temporárias ou para instalações de pequeno porte onde os hipocloritos são mais adequados. O dióxido de cloro é empregado em casos especiais quando surgem problemas com: