A principal limitação dessa técnica é a sua incapacidade de identificar, inequivocamente, compostos desconhecidos presentes numa mistura, mesmo que completamente separados e utilizando material de referência para cada um deles.

Para separar uma mistura que contém enantiômeros por essa técnica é necessário utilizar colunas cromatográficas contendo fases estacionárias quirais.

Na cromatografia em fase normal, a fase estacionária é polar e a fase móvel é apolar e, em relação à eluição, os analitos mais apolares eluem antes dos analitos polares.

A miniaturização de colunas cromatográficas para essa técnica é uma vantagem, porque a redução do diâmetro interno de uma coluna permite diminuir o consumo de solvente e o volume de injeção de amostra e aumentar a sensibilidade do analito no detector.

A forma mais adequada de comparar o comportamento cromatográfico de um analito em dois sistemas cromatográficos distintos é utilizar o tempo de retenção (^tR) do soluto na coluna analítica ao invés do fator capacidade (k’).