As farmácias em hospitais devem contar com recursos humanos qualificados, tais como farmacêuticos, auxiliares, administradores e pessoal de apoio. A chefia, idealmente, será exercida por um desses profissionais que tenham especialização em gestão hospitalar ou gestão em farmácia hospitalar.

Considerando-se a complexidade dos serviços prestados e a respectiva estrutura, a farmácia hospitalar poderá manipular os medicamentos. Nessa atribuição de ações, a preparação e unitarização de doses de medicamentos deve ser realizada de modo a garantir a rastreabilidade dos produtos, evitando-se troca ou mistura de medicamentos.

Para maior garantia de segurança ao paciente, a farmácia hospitalar deve implantar um sistema racional de distribuição de medicamentos e produtos para a saúde, o qual pode ser coletivo ou individualizado, conforme a estrutura física e os recursos humanos e financeiros do hospital.

Entre os objetivos principais da gestão da farmácia hospitalar, estão a garantia do acesso a medicamentos e a promoção do uso racional destes. No tocante à seleção de medicamentos, a participação do farmacêutico na comissão de farmácia e terapêutica do hospital proporciona uma colaboração efetiva para atingir esses objetivos, a considerar que esse processo tem base no mercado farmacêutico, no custo e na variação de consumo, expertises adquiridas por esse profissional na gestão dos medicamentos.

A manipulação de antineoplásicos e radiofármacos deve ser realizada por farmacêuticos, em uma estrutura projetada e implantada conforme as normas sanitárias vigentes. A atribuição do farmacêutico, nesse serviço, consiste em manipular as formulações prescritas e analisadas pela comissão de gerenciamento de pacientes oncológicos, conforme exigido pela Resolução Anvisa nº 220/2004.