Bacia do Paraná – drena as terras da região mais desenvolvida do país. O rio Paraná tem 4.025 km, sendo formado a partir da confluência dos rios Grande e Paranaíba.

Bacia do Tocantins – Araguaia – banha terras que estão sendo ocupadas com muita rapidez nos últimos anos por importantes projetos econômicos.

Bacia do São Francisco – drena terras do Sudeste e do Nordeste – compreende os rios que integram a bacia do Tocantins – Araguaia e do São Francisco.

Bacia do Paraguai – sendo um rio de planície, é utilizado para transportar a produção regional, principalmente minérios extraídos do Maciço do Urucum.

Bacia Atlântico Nordeste Oriental – Essa bacia hidrográfica possui a triste marca de ser a que sofreu os maiores impactos ambientais provocados pela ação humana sobre sua vegetação nativa.