A fiscalização e o controle da aplicação de critérios, normas e padrões de qualidade ambiental devem ser exercidos prioritariamente pelo IBAMA e, em caráter supletivo, pelos órgãos estaduais e municipais competentes.

Na estrutura do SISNAMA, o CONAMA é o órgão superior, e sua função é assistir o presidente da República na formulação de diretrizes da PNMA.

Não se exige das pessoas físicas que se dediquem à consultoria técnica de problemas ambientais o registro no IBAMA, mas as pessoas físicas e jurídicas que se dediquem a atividades poluidoras ou à extração, produção, transporte e comercialização de produtos perigosos, assim como de produtos e subprodutos da fauna e flora, devem, obrigatoriamente, registrar-se em cadastro técnico federal administrado pelo IBAMA.

Compete ao CONAMA, entre outras atribuições, determinar, mediante representação do IBAMA, a perda ou a restrição de benefícios fiscais concedidos pelo poder público e a perda ou a suspensão de participação em linhas de financiamento em estabelecimentos oficiais de crédito.

A construção, instalação, ampliação e o funcionamento de estabelecimentos e de atividades que utilizem recursos ambientais considerados efetiva e potencialmente poluidores dependem de prévio licenciamento do IBAMA, se o impacto ambiental for de âmbito nacional, e do órgão estadual do ambiente, caso o impacto seja de âmbito regional.