A semi-imputabilidade não implica a imposição obrigatória de medida de segurança, visto que vigora no ordenamento jurídico brasileiro o sistema vicariante, cabendo ao juiz a aplicação da pena ou da medida de segurança.

A cessação da periculosidade do agente atestada por laudo médico não enseja necessariamente a sua imediata desinternação do estabelecimento psiquiátrico, sendo necessária a demonstração, em juízo, de que a recuperação médica também tenha ensejado a recuperação social.

Não configura constrangimento ilegal o recolhimento em presídio comum, pelo prazo superior a um ano, de sentenciado submetido a medida de segurança que consista em internação em hospital de custódia e tratamento psiquiátrico, caso seja comprovada a falta de vagas nesse tipo de estabelecimento.

Segundo a jurisprudência do STJ, a medida de segurança não configura espécie de sanção penal embora se sujeite aos prazos prescricionais aplicáveis aos delitos cometidos pelos inimputáveis.

Constitui reformatio in pejus o fato de o tribunal substituir a pena privativa de liberdade fixada no mínimo legal por medida de segurança, com base em laudo psiquiátrico que considere o acusado inimputável, visto que essa medida poderá ter duração igual ao máximo da pena cominada ao delito praticado.