Em casos de conduta grave ou reincidência, a Comissão de Ética e Integridade pode encaminhar sua decisão ao Conselho Gestor de Ética e Integridade e sugerir o envio do caso à Comissão Permanente de Processo Administrativo Disciplinar.

O processo de apuração segue um rito ordinário, permitindo ampla produção de provas e depoimentos de testemunhas.

O procedimento de apuração exige que todas as testemunhas envolvidas sejam ouvidas, independentemente de seu interesse no caso.

As penalidades aplicadas pela Comissão de Ética e Integridade substituem as sanções disciplinares previstas no Estatuto dos Servidores Públicos Municipais.