Os testes bioquímicos são utilizados para a identificação do microrganismo em nível de espécie. Dentro dos inúmeros testes pode-se citar: teste de coagulase para identificar microrganismos produtores dessa enzima como o Staphylococcus aureus, caldo nitrato para a identificação de bacilos gram-positivos não fermentadores, caldo ureia muito utilizado na identificação de Helicobacter pylori em amostras de biópsia gástrica.

A coloração de gram é utilizada para classificar as bactérias com base na morfologia e na reação à coloração sendo gram positivas ou gram negativas ou gram lábeis. Essa coloração não deve ser utilizada em esfregaços de materiais biológicos recebidos em lâmina e amostras em swabs sem meio de transporte, nessas condições os microrganismos morrem tendo sua identificação por microscopia impossibilitada.

Após o crescimento nos diferentes meios de cultura empregados, deve-se observar as características das colônias: tamanho, bordas ou formas, elevação, cor, densidade, consistência e aparência. Também deve-se observar, para alguns meios de cultura, reações como hemólise, produção de pigmentos, odor.

Um microrganismo que cresce em meio seletivo e não é um patógeno aceito para a doença em estudo deve ser considerado um contaminante.