A história registra muitas questões insolúveis, do mesmo modo que temas controversos. Não seria o caso de tentar inventariá-los.

De todos os modos, há circunstâncias que não podem deixar de ser referidas por sua relevância. A principal controvérsia diz respeito ao papel dos jesuítas.

Varnhagen afirmou que "justo é reconhecer que a Ordem prestou ao Brasil alguns serviços, bem como, por outro lado, parcialismo ou demência seria negar, quando os fatos evidenciam que, por vezes, pela ambição e orgulho de seus membros, chegou à provocar no país não poucos distúrbios."

O desdobramento dessa hostilidade seria a expulsão dos jesuítas de nosso país, não se podendo perder de vista que o fenômeno ocorreu em outras nações, culminando com a própria extinção da Ordem, determinada pelo Vaticano.