O algoritmo de atracamento molecular prevê a orientação do ligante em relação ao receptor.

Funções de pontuação (scoring) empíricas ou baseadas em conhecimento são utilizadas pelos métodos de atracamento buscando identificar a orientação de maior afinidade entre o ligante e o receptor.

Em uma função de pontuação (scoring) baseada em conhecimento, os fenômenos físicos, ou seja, a entropia e as interações eletrostáticas, são considerados durante o processo de atracamento.

Um método de busca por gradiente explora o espaço de busca a partir de uma pose inicial, seguindo o gradiente da função de pontuação (scoring).

Métodos de busca heurística podem ser utilizados para explorar o espaço de busca de afinidade entre o ligante e o receptor.