A autonomia e independência concedidas às agências reguladoras são fundamentais para que a mesma possa exercer adequadamente suas funções, vez que o maior bem jurídico sob tutela é o interesse comum, não podendo estar sujeita às constantes interferências de ordem política.

As agências reguladoras possuem patrimônio e recursos próprios e se encontram subordinadas à pessoas de direito público interno que as criou.

As agências reguladoras estão sujeitas ao crivo do Poder Judiciário, o qual se afigura como órgão de controle externo da administração pública direta e indireta.

As agências reguladoras são pessoas jurídicas de direito público, classificadas como autarquias. Tal natureza é essencial para que desempenhem efetivamente seu papel, que consiste em intervir no domínio econômico e fiscalizar a prestação de serviços públicos.